出菇室必須通風、干凈、水源方便，并要求室內無直射光。菇房的管理措施分以下幾個步驟：
待菌絲長到瓶底后及時把瓶子轉移到出菇室，去掉瓶口上的棉塞（或紙），進行搔菌。搔菌是把老菌種耗掉。然后用報紙覆蓋瓶口。每天在報紙上噴水2~3次，保持報紙濕潤。
幾天之后培養基上部就會形成琥珀色的水珠，有時還會形成一層白色棉狀物，這是現蕾的前兆，再過13~15天就會出現菇蕾。
現蕾后2~3天菌柄伸長到3~5厘米，菌蓋米粒大時，微風吹拂，令其倒伏，再蓋報紙，并保持報紙濕潤，3~5天后，在倒伏子實體的根部又長出許多密而壯的尖針狀的子實體原基。
當金針菇伸出瓶口2~3厘米時套筒。可用蠟紙、牛皮紙、塑料薄膜作筒，高10~12厘米呈喇叭形。
套筒后每天紙筒上可噴少量水，保持濕度90%左右，早晚通風15~20分鐘，濕度保持在5~12℃之間。
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