蛋白質飼料對養魚顯得特別重要。目前生產上廣泛應用的蛋白質飼料有：植物性餅類，植物性粕類。此外，動物性蛋白質飼料（如魚粉、肉骨粉、發酵血粉等）也廣泛應用。

一、豆餅（粕）類飼料

屬植物性蛋白質飼料，蛋白質含量為42%左右。它是餅（粕）中蛋白質品質較好，利用率較高的一種，含有豐富的氨基酸，特別是魚類所需的賴氨酸和精氨酸含量較高。

生豆餅中含有抗胰蛋白酶、皂角素等有害物質，適當加熱以后可將這些有害成分破壞，但加熱時溫度要適當，一般為140℃～150℃以下加熱2分30秒，溫度過高會降低豆餅中氨基酸的利用率。

二、棉仁餅、菜籽餅（稱為兩餅）

也屬于植物性蛋白質飼料。其蛋白質含量受油脂加工工藝及去殼情況的影響。去殼榨油后的棉仁粕和菜粕蛋白質含量與豆粕的蛋白質含量接近，但其可利用率低于豆粕。

菜粕中含有多種有毒成分，主要來源于芥苷（可分解成為有毒物質）。目前市場上已有菜粕的解毒劑，如浙江農業大學許梓榮教授研制的6107菜粕解毒劑，可減輕菜粕的毒性。

除上述餅粕以外，還有芝麻餅、花生餅等也可作為魚飼料中植物性蛋白質的來源。

三、魚粉類飼料

魚粉屬動物性蛋白質飼料，含有較高的蛋白質，且其中某些必需氨基酸含量豐富。此外，在魚粉中還有一些未知的促生長因子。因而在飼料中應用魚粉可顯著地起到促進魚類生長的作用。

魚粉由低質魚或魚品加工副產品制成，屬應用廣泛的動物性蛋白質飼料。世界上魚粉的主要生產國是秘魯、智利和日本。

魚粉的質量：顏色，黃棕色或黃褐色，具有魚粉的正常氣味，無異臭及焦灼味，能通過2.8毫米標準篩網的比例至少為98%。此外，還有關于鹽分、砂分、粗脂肪等方面的要求。

四、肉粉、肉骨粉

肉骨粉是屠宰場在進行肉類加工時的廢棄物，包括不能食用的內臟、雜骨、胚胎及經病死的畜禽（消毒）加工而成。肉粉含蛋白質較高，但是其利用率較低，易對其用量造成限制。