目前主要有以下3種使用形式：

1．鮮飼。可按一定比例直接配入飼料中飼喂動物。這種使用方式要注意一定使用新鮮菌糠，并保證菌糠中不含土粒、雜菌，污染部分要去除。

2．復合干飼料。將采收3-4茬不同菌類的菌糠認真地進行挑選，取菌絲潔白、料塊結實、無霉變和腐爛部分，曬干或烘干后粉碎，存放于陰涼干燥處。使用時再按一定比例添加到畜禽的飼料中去。

3．發酵飼料。這是利用菌糠作飼料最好的利用方式。選地勢高、干燥處挖寬50-60厘米、深50厘米、長度不限的土坑，內鋪塑料薄膜，放入10厘米厚新鮮無污染菌糠，糠面撒一層鹽，鹽上再放菌糠，直到凸出地面5-10厘米為止。鹽的用量為鮮菌糠的0.5%，層層壓實，上蓋塑料薄膜，發酵5-50天后隨用隨取。

但實際生活中，老百姓經常用缸（桶、塑料袋）來進行發酵，原理是一樣的。取菌糠50%-70%，加米糠30%-50%，加水拌勻，以手握時指縫中有水滴而不滴水為宜，然后裝入缸（桶）內，稍加壓實，經1-2天發酵至有酒香味即可飼喂。

使用菌糠飼料的注意事項：菌糠使用量的多少，要根據其營養價值來決定。并且要在保證飼糧中的粗纖維含量不超過國標時，盡可能替代日糧中的部分糠麩類飼料。

一般地，按風干重量計，菌糠可占配合飼糧的比例是：仔豬5%-10%，小豬10%-20%，中豬25%-30%，大豬30%-40%，成年母豬40%-50%;雞5%-10%，鴨、鵝10%-20%;牛、羊30%-60%；兔10%-25%；魚5%-10%或將新鮮菌塊投入池塘任其采食。