一頭好的種用牦牛，不在乎它本身生產性能的高低，而在于能否生產優質的后代，也就是說是否具有優良的遺傳型。所以，牦牛的選種，實質上就是對牦牛遺傳型的選擇。

1、牦牛的性能測定

對于牦牛的增重、階段活重、體格大小、飼料利用率等遺傳力較高，且能夠活體測定的性狀，它是一種十分有效的選擇方法。1.5-3歲牦牛的二選和定選均采用這種方法。

在實際選種中，當被選個體同一性狀只有一次成績記錄時，應先校正到同一標準條件下，然后按表型順序選優去劣。

當被選個體同一性狀有多次成績記錄時，先把多次記錄進行平均，然后按平均值進行排序選種。

2、牦牛的系譜測定

系譜測定就是通過查閱和分析各代祖先的生產性能、發育情況以及其他材料，來估計該種畜的近似種用價值，以便基本確定種畜的去留。

在實踐中，往往是將多頭種畜的系譜直接進行針對性的分析比較。鑒定時，重點放在父母代的比較上，其次是祖父母代上。因為近代親屬影響大，遠親影響小；審查和鑒定不能針對某一性狀，要以生產性能為主做全面的比較；不同系譜要同代祖先相比，即親代與親代、祖代與祖代比較。

系譜測定多用于幼年和青年時期，本身尚無生產性能記錄時的選種，是早期選種的方法之一。在牦牛生產中主要用于種用牦牛的初選。

3、牦牛的同胞測定

同胞測定是根據其同胞的成績來評定某一個體的種用價值。可分為全同胞測定、半同胞測定、全同胞一半同胞混合測定等三種。

而牦牛選種中的同胞測定主要是半同胞測定，另兩種同胞測定較少應用。

對于牦牛的產乳量、乳脂率、產后乏情長短、排精量等限性性狀和屠宰率、凈肉率等活體難于準確度量的性狀，用同胞測定是最好的方法之一。