有些菜農采用平畦播種，當辣椒苗長到3片葉左右時進行第1次分苗，分完后的幼苗再移栽入苗畦內。當苗有6～8片葉時，將苗子移入營養缽內培育，二次分苗。當辣椒長到11片葉左右時進行定植。以下菜農采用的多次分苗法造成了種種問題。
(1)傷根嚴重
因為采用的穴盤空間有限，所以辣椒根系長到一定程度時就會從盤底的透水孔長出，在育苗床的土壤中扎根繼續生長，頻繁移動穴盤就會將辣椒幼苗底部的根系全部切斷，使得根系短時間內無法吸收到足夠的水肥，致使每移動一次，辣椒就要緩一次苗。
同時辣椒根系不發達、再生能力弱，根系受傷后長出新根的速度較慢，再次下扎的深度也有限，導致辣椒抗逆性低。辣椒根系一般在植株7片葉左右時就開始木栓化，再生能力降低；12片葉左右時根系木栓化程度較高。而菜農選擇植株有6～8片葉時進行分苗，11片葉時進行定植，分苗后的根系恢復困難。
(2)傷口容易被病菌侵染
多次分苗，使得根系傷口多，因面加大了感染病菌的幾率。辣椒一旦感染根部病害，尤其是根腐病等病害，會導致辣椒定植以后出現大面積死棵。
(3)容易形成小老苗
多次分苗，雖然擴大了秧苗的營養面積和生長空間，改善了其光照條件，但是根系受傷嚴重，生根慢，不利于營養的供應，導致營養供應不足。表現為辣椒莖秤細弱，葉小、葉黃，辣椒的苗期過長，幼苗莖桿出現木栓化，根系生長速度緩慢，萌發新根的能力變弱，從而導致定植時緩苗慢，辣椒生長勢變弱。
(4)花芽分化不良
辣椒幼苗長到3～4片真葉時就開始進行花芽分化，這時若多次移動幼苗，就會因為傷根嚴重，影響水分、養分和內源激素的供應，從而導致花芽分化不良或花芽分化推遲，導致后期辣椒畸形果過多或前期產量低。
