食用菌的菌絲體生長在適當的培養基中，而用于栽培的產生食用菌子實體的叫菌種。下面介紹雙孢蘑菇菌種制作的流程，以及如何制作雙孢蘑菇的麥粒菌種。
一、雙孢蘑菇菌種制作的流程
雙孢蘑菇菌種制作的流程是：母種—原種—栽培種。母種是食用菌類的孢子或組織（包括子實體、菌索和菌核）在瓊脂培養基上萌發、分離提純后得到的菌絲體。
母種常用的培養基是馬鈴薯、葡萄糖、瓊脂培養基（簡稱pda培養基），一般蘑菇制種常用的方法是用多孢挑單菌落的方法，來取得母種的菌絲體，而不是用組織分離的方法。
一般生產上的用種都應該到科研單位、大專院校，或有制種能力的單位買回經過出菇試驗的母種試管，買回后只能擴管1次。
二、如何制作雙孢蘑菇的麥粒菌種
麥粒菌種營養豐富，食用菌的菌絲能長到麥粒里面，菌種活力強，播種后麥粒仍能繼續供應菌絲體生長所需營養。麥粒菌種制作方法如下。
(1)麥子前處理
①原料：選擇無蟲、無霉、無雜的新麥子。
②清洗：進一步清除麥子中的雜質。
③浸泡：用0.5%-1.0%的石灰水(ph9-10)浸泡10-12小時。
④沖洗：把浸泡好的麥子撈起，用清水沖洗，直至無泡沫，且水的ph達7-8為止。
⑤煮麥：邊煮邊攪拌，隨著溫度的上升逐漸加快攪拌速度，直至麥子成熟，種皮不開裂為止。
⑥冷卻：煮熟的麥子出鍋后攤開瀝水，至麥子表面無明顯積水為止。
(2)拌料裝瓶
每100千克熟麥加0.4%的碳酸鈣、1.4%的石膏，充分拌勻，拌時應注意防止麥子種皮破裂。裝瓶時，500毫升的鹽水瓶裝至400-450毫升處即可，并刷除瓶口及內壁的雜物。棉塞應稍大于瓶口，要求塞緊，不漏氣。
(3)消毒滅菌
當天制種的麥粒菌種必須當天消毒，且間隔時間越短越好。消毒步驟如下。
①緊閉消毒設施，關消毒鍋門（蓋）緩慢地打開進氣閥門。
②預升壓排冷氣，壓力至0.05兆帕時，排放冷空氣至零。
③升壓保溫滅菌，重新開始升壓，壓力至0.15兆帕時保持2小時。
④降壓降溫放水，關閉進氣閥門，壓力跌至0.10兆帕時緩慢打開冷凝水閥。壓力跌至0位、溫度下降至60℃以下時，打開消毒鍋爐門（蓋）。
