菌袋中插幾支溫度計，每天早、晚各記錄1次溫度。發菌期袋內溫度控制在20～30℃，若溫度高于35℃就有燒菌的危險，達到40℃時持續2小時菌絲就會全部被燒死。
也可利用揭蓋塑料薄膜和調節通風口的方法控制菌袋溫度。
裝袋后20天左右菌絲即可長滿袋。根據雞腿菇不沾土不出菇的習性，菌絲長滿袋后3～5天即可脫袋覆土。覆土前，先給菇棚的地面澆透水，然后下挖15厘米，將發好菌的菌袋脫去塑料袋，豎排在挖好的畦內。
如菌袋過長，可從中間切開。畦寬1．5米，長度不限，隨排隨向間隙中填土，最后上面蓋2～3厘米厚的覆土，土的濕度掌握在用手握成團，觸之即散為宜。覆土時加2％的石灰，覆土后蓋上地膜，溫度保持在14～25℃，經過15天的培養即出菇現蕾。
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