番茄的病害以真菌性病害為主，其次為病毒病、細菌性病害和生理性病害。蟲害主要有根結線蟲、潛葉蠅、棉鈴蟲、煙粉虱、蚜蟲等。危害最嚴重的病蟲害有番茄黃化曲葉病毒病（簡稱ty）、灰霉病和根結線蟲。

一、番茄灰霉病的防治

注意選用抗耐病高產良種。清潔田園，摘除病老葉，妥善處理，切勿隨意丟棄。防止番茄沾花傳病。在沾花時，在番茄靈或2，4－d中加入0.1%的40%施灰樂懸浮劑，使花器沾藥，以后在坐果時用濃度為0.1%的40%施灰樂懸浮劑溶液噴果2次，隔7天1次，可預防病害發生。發病初期抓緊連續噴藥控病，用40%施灰樂懸浮劑1000倍液，和其他防治灰霉病的藥及輪換交替或混合噴施2～3次，隔7～10天1次。

二、番茄根結線蟲的防治

在根結線蟲比較嚴重的大棚中種植番茄，可采用綜合防治模式：

抗線蟲品種或嫁接技術――采用無土育苗培育無線蟲壯苗――定植前15～20天用石灰氮土壤消毒――定植時用阿維菌素或其他低毒藥劑處理定植穴――生長期用阿維菌素或其他低毒藥劑灌根2～3次。

三、黃化曲葉病毒病的防治

①培育無病無蟲苗是關鍵。該病對番茄植株侵害越早，發病率越高，所以預防要從育苗期抓起，做到早防早控，力爭少發病或不發病。苗床周圍雜草要除干凈，苗床土壤要進行消毒處理，以減少病源。

②重防煙粉虱。番茄黃化曲葉病毒病由煙粉虱傳播。煙粉虱在田間有遷飛性。應加強整枝打杈和化學防治等田間統一管理，減少相臨田塊之間的煙粉虱遷飛。

③農業措施。在栽培上適當控制氮肥用量和保持田間濕潤。施肥灌水做到少量多次，做到不旱不澇，適時放風，避免棚內高溫，調節好田間溫濕度，增施有機肥，促進植株生長健壯，提高植株的抗病能力，及時清除田間雜草和殘枝落葉，以減少蟲源。注意田間管理，防止接觸傳染，在綁蔓、整枝、打杈、沾花和摘果等操作時，應先處理健株，后處理病株，注意手和工具要用肥皂水充分擦洗，減少人為的傳播，發現病株及時清除，減少病毒源。

④實行輪作換茬。發病嚴重地塊要與茄科以外的其他作物實行三年以上的輪作。如換茬種植黃瓜、豆角、葡萄等，避免間套作和連作，減少和避免番茄病毒病土壤和殘留物的傳毒，減少病毒病的發生；育苗地和栽植棚地應徹底清除帶毒雜草，減少病毒病的毒源。