苗期治蟲也不能忽略，應選用高效、無污染、無殘留、無公害農藥 。
5.田間管理
5.1整枝：當苗生長到一到二片真葉，就可進行定苗了，每穴留一株苗即可，將弱的去除，定苗時切忌拔苗，只要將弱苗子葉節下用手掐斷即可。
目前我區哈密瓜采用單蔓整枝，俗稱一條龍的整枝方式。當瓜苗達到五到六片真葉時進行第一次整枝，對基部一到五節子蔓留一片葉摘心即可，并且將側芽抹去；蔓長到二十到三十厘米時，要進行搬窩壓蔓。第二次整枝在六到七節子蔓上留一葉摘心的處理，使座瓜部位集中在第七到九節的子蔓上，子蔓留一到兩葉摘心，座瓜后打群尖。
為防病害，陰雨天不整枝。對于帶病毒植株要及時去除，并且深埋。
5.2灌水：在哈密瓜生育期需要滴水六到七次，保持每畝達到二百六七十立方米的總滴水量。
滴水的原則要以節水為中心，根據天氣，瓜苗的長勢，以及土壤墑情等情況，要進行正確的處理，要保持瓜苗不出現干旱現象。特別是在哈密瓜座瓜期到瓜上麻紋期，田間要保持濕潤。前期滴水量每畝保持三十五到四十方左右，果實膨大期，則需要用到四十五到五十方的滴水量，而且要縮短滴水的周期，基本八到十天左右滴一次，保證二十到二十五厘米左右的土壤滲水深度。
5.3追肥：結合滴水，在果實膨大期滴施哈密瓜專用有機肥三到四次，每次滴施八到十公斤。
哈密瓜在轉色時，還需要進行翻瓜處理，一般按順時針方向翻二到三次，大概一周翻一次，并且在雨后要及時地墊瓜處理，提高哈密瓜的商品率。
5.4植保：對于病蟲害的防治，要始終貫徹“預防為主，綜合防治”的方針。對于像細菌性角班病、葉枯病、白粉病、霜霉病等要進行科學的用藥處理。比如細菌性角斑病，發病時間一般在5—6月份，選用波爾多液（硫酸銅：石灰：水=1：1：200），可殺得，農用硫酸鏈霉素，7—10天一次，最多用1次。而種植地如果是沙堿地，則螻蛄會比較地多，如果有螻蛄打隧道的情況，則需要用麩皮進行誘殺。
