糖廠甜菜收購政策導向影響。糖廠收購甜菜，只要產量高，就能獲得高效益。導致農民在一系列栽培管理技術上，只重視如何增產，提高單產技術措施的運用，忽視了甜菜含糖指標及增糖技術的落實。所以，造成甜菜含糖降低的最直接原因是糖廠收購政策導向所致。

菜品種結構與布局不合理。在品種布局上，不能一個豐產型晚熟品種一統天下，應該高糖型、標準型、豐產型品種按比例科學合理搭配；在品種結構上也應根據糖廠加工期的早晚，分別利用早、中、晚熟品種相互搭配，晚熟甜菜品種早收，糖分積累階段還未完成，這樣糖分必然降低。

甜菜種植密度不夠。甜菜栽培的行距較小，密度較大，其目的主要有兩點：一是增加塊根產量、提高含糖率及純度(非糖物質減少)；二是實行窄行后，甜菜可以盡早封壟，有效利用日照并抑制雜草，減少除草劑使用。

肥料使用不當。一是有機肥使用量較少，化肥使用量過大，造成土壤有機質減少；二是施肥方法及配比不合理，不少種植戶為追求高產，施肥以追肥為主，且加大氮肥使用量，微量元素肥料未能及時補充。

植保措施不到位。甜菜褐斑病、白粉病，每年都有不同程度發生，該區甜菜種植大部分未落實"預防為主、防治為輔"的防治方針，等大發生了，再防治，收效甚微，損失已成定局。在褐斑病發生嚴重時，甜菜老葉枯死，重長新葉，會消耗塊根中已積累的養分，不但影響產量，而且降低含糖率。據統計，一般病害達到2-3級，會使塊根減產10%-20%，含糖率下降1.0度；病害等級達4級，可以使塊根減產30%-50%，含糖率下降2-3度，糖廠制糖過程中廢密量增加，產糖量減少，甜菜灰分和有害氮素增加，影響制糖生產。

輪作制度不落實。重茬、迎茬現象較多，根腐病發生日趨嚴重，造成產量和含糖率下降。 在甜菜生長發育后期，甜菜生長中心以糖分積累為主，光合產物以蔗糖形式貯存在塊根中，需水較少，澆水適當可促進糖分積累；澆水過多會使糖分大幅度下降，特別是收獲前的起拔水，灌水時間和灌水量是影響糖分的重要因素。伊犁州糖區大部分采用大水漫灌，尤其是起撥水偏晚，水量過大，導致塊根水分增加，糖分減少。