雌花芽與頂生葉芽為同源器官。雌花芽形態分化期為中短枝停長后4～10周（6月2日至7月14日）。核桃雌花芽形態分化的進程分以下3個時期：

(1)分化始期

中短枝停長后4～6周（6月2日～16日），25%～35%的芽內生長點進入花芽分化。此時果實生長速度減緩，果實外形接近于最大體積。

(2)分化集中期

中短枝停長6～10周（6月16日至7月14日），50%以上的生長點開始花芽分化，此時果實體積基本穩定并進入硬核期，種仁內含物開始增加。

(3)分化緩慢及停滯期

中短枝停長10周以后（7月14日以后），花芽數量不再增長。此時種仁內含物迅速積累，果實漸趨成熟。

雌花原基于冬前出現總苞原基和花被原基，翌春芽開放之前2周內迅速完成各器官的分化，分化順序依次為苞片、花被、心皮和胚珠。核桃雌花芽從生理分化開始7～15天進行形態分化，單個混合花芽的生理分化時間短，但全樹的生理分化持續時間較長，并與形態分化首尾重疊，在時間上難以截然分開。

雌花芽各原基分化時期分：分化初期（生長點扁平期），中短枝停長后4～8周（6月2～30日）；總苞原基出現期，中短枝停長后6～9周（6月16日至7月7日）；花被原基出現期，中短枝停長后7～10周（6月23日至7月14日）；枝停長10周以后，雌花芽的分化停頓而進入休眠，直到翌春3月下旬繼續分化雌蕊原基，各原基進一步發育，4月下旬開花。