韭菜是喜肥作物。但是若大量施用化肥會引起偏氮徒長，從而降低抗病性。因此，施肥上應該以施用優質腐熟的有機糞肥、餅肥或生物菌肥為主，補施化肥為輔，施化肥時要施用氮、磷、鉀復合肥，并適量施用微量元素肥料，培養健壯根株，以提高棺株抗病蟲能力和增加商品性。
韭菜灰霉病、疫病的流行條件是高濕低溫，因此，拱棚栽培應加強管理，及時通風換氣，嚴格控制溫、濕度，盡量保溫和降低濕度。通風量要根據棚溫和韭菜長勢確定，剛割過的韭菜或外界溫度低時，通風要小或延遲，嚴重防掃地風。
另外，為降低棚內濕度，減輕病害發生，應結合施用煙劑和粉塵劑，盡量減少液劑的使用次數。
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