神秘果花單生或通常數朵簇生葉腋或老枝上，有時排列成聚傘花序，稀成總狀或圓錐花序，兩性，稀單性或雜性，輻射對稱，具小苞片。

神秘果花萼裂片通常4-6，稀至12，覆瓦狀排列，或成2輪，基部聯合。花冠合瓣，具短管，裂片與花萼裂片同數或為其2倍，覆瓦狀排列，通常全緣，有時于側面或背部具撕裂狀或裂片狀附屬物。

能育雄蕊著生于花冠裂片基部或冠管喉部，與花冠裂片同數對生，或多數而排列成2-3輪，分離，花藥2室，藥室縱裂，通常外向。退化雄蕊有或無，如存在則與雄蕊互生，鱗片狀至花瓣狀，通常無殘存花藥。

雌蕊1，子房上位，心皮4或5，合生，中軸胎座，每室1側生下轉（肉實樹屬）或上轉胚珠，著生于胎座基部，珠被1層，珠孔向下，花柱單生，通常頂端分裂。

神秘果是典型熱帶常綠灌木，有時具乳汁，髓部、皮層及葉肉有分泌硬橡膠的乳管，幼嫩部分常被銹色、通常2叉的絨毛。單葉互生，近對生或對生，有時密聚于枝頂，通常革質，全緣，羽狀脈。托葉早落或無托葉。

神秘果為漿果，有時為核果狀，果肉近果皮處有厚壁組織而成薄革質至骨質外皮。種子1至數枚，通常具油質胚乳或沒有，種皮褐色，硬而光亮，富含單寧，有各種各樣的疤痕，子葉薄或厚，有時葉狀。