據測定，每生產50千克芹菜需氮20克、磷7克、鉀30克。另外，芹菜對硼的需要較強，缺硼時植株易發心腐病。芹菜的水肥管理要特點關注這一基本數據。

芹菜播后，苗前畦面要經常保持濕潤。有簡單遮陽物的苗畦，因蒸發量較少，在澆透底水后一般不需澆水。沒有遮陽物的苗畦，因氣溫高、蒸發量大，要注意在早晨或傍晚經常澆小水，一般1～2天澆一次。

早春或冬季育苗，一般不需澆水，以防降低地溫。出苗后至第1片真葉展開，幼苗雖然吸水較少，但必須經常澆水，保持畦面濕潤，防止烈日曬傷幼苗。一般2～3天澆一小水。幼苗長至3～4片真葉時，根系開始擴大，吸水能力逐漸增強，澆水次數要逐漸減少，使畦面見干見濕，以促進根系的發育和加速幼葉分化。

在2～3片真葉以后，可結合澆水進行2～3次追肥，追肥量要掌握少量多次的原則。一般每個育苗畦沖施尿素或三元復合肥0.25～0.5千克。根據苗情，在苗期還可結合防治蚜蟲施1～2次葉面肥。芹菜幼苗長至4～5片葉、株高15厘米左右時即可定植。

從定植到緩苗要勤澆、輕澆水，保持土壤濕潤。緩苗后，應控制水量并進行中耕（深度10厘米），蹲苗，使根部下扎，心葉分化加速。

芹菜營養生長期是形成產量的關鍵時期。蹲苗結束后要集中肥水，促進植株營養生長，一般蹲苗后立即追施速效氮肥，以后分期追施2～3次。

特別注意要追施一定量的鉀肥，因芹菜是喜鉀蔬菜。隔3～4天澆一次水，但水量少些，以免地溫過低不利于葉柄肥大。采收前半個月左右，全株可噴施30～50毫克／升的赤霉素1～2次，增產效果更好。

芹菜缺氮表現為葉片細小，葉柄易發生空心與老化。前期缺磷、后期缺鉀都對芹菜的產量和品質影響較大，前后期可分別噴施磷、鉀液肥。另外，芹菜對硼肥的反應非常敏感，缺硼時出現裂莖，可每畝施用0.5～0.75千克硼砂防治。